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WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

行业
纳暮7个月前
WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

#本文仅代表作者观点,不代表IPRdaily立场,未经作者许可,禁止转载#


“一招教您WIPO Sequence 批量导入序列。”


来源:IPRdaily中文网(iprdaily.cn)

作者:周妍卓 覃晴 * 上海汉盛律师事务所


1998年11月,WIPO出台了《专利申请中核苷酸和氨基酸序列表的表述标准》(WIPO ST.25标准),为统一全球的标准并提高电子形式的验证匹配和提供更精确的生物序列信息,WIPO标准委员会制定了WIPO ST.26标准,并要求于2022年1月1日起,WIPO所有成员国在国际、国家或者地区层面上提交的生物序列文件,都要符合WIPO ST.26标准。与WIPO ST.26标准同步发布的,还有WIPO提供的名为“WIPO Sequence”的桌面工具,该工具的作用是编制符合WIPO ST.26标准的氨基酸和核苷酸序列表。我国国知局也宣布从2022年7月1日起,向国知局提交的国家专利申请和PCT国际申请中包含有序列表的,该序列表电子文件应符合WIPO ST.26标准要求,也就是说WIPO Sequence已经成为生物领域专利代理师必不可少的工具。


但是WIPO Sequence面世时间较短,用户对其功能的发掘程度较少,官方用户手册中的记录也比较简单,因此,大部分申请人只了解简单的创建方法,在面对一些需要进行批量处理的操作时不知道如何快捷处理。例如,生物医药专利申请中,有时需要处理上百条序列,面对密密麻麻的序列表,代理人常常痛苦不已,如果在WIPO SEQUENCE中使用常用的单独创建方式,一个一个地去创建序列,处理上百条序列时不仅耗费时间,还易出错。


那么,有什么批量处理的方法可以让我们的代理工作事半功倍呢?


笔者在查阅了官方用户手册(https://www.wipo.int/export/sites/www/standards/en/sequence/wipo-sequence-manual.pdf)及多次尝试后,总结出了一个批量导入序列的方法。


第一步,先按照WIPO SEQUENCE官方的ST.25格式(图1)对序列表进行修改:


WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

图1(来源于用户手册)


上面的官方说明,简单翻译一下就是要按<序列名称; 序列类型; 生物体>的顺序对每个序列进行注释,这里的序列名称、序列类型、生物体参照我们单独创建序列时WIPO SEQUENCE官方提供的选项进行撰写即可。例如,序列类型有DNA、RNA和AA,然后在注释下面另起一行,输入序列(友情提示:按照ST.26的要求,RNA里的u需要替换为t)。对所有的序列都按上述格式进行修改后,将文本保存为txt格式就可以进行下一步操作。按照一般软件的读取习惯,这里建议所有的标点符号都用英文版本,分号后加上空格。笔者没有尝试过用中文标点符号,不确定是否会影响上传。


第二步,在WIPO SEQUENCE中创建项目,并依据个人需求进行信息填写,这一步相信大家都会做,网上也有不少教程就不在此进行赘述。


第三步,进入我们已经建好的项目中,选择导入序列后上传文件即可。


下面简单举例说明:


首先,将序列表修改为如下格式后,保存为txt格式:


<001; RNA; synthetic construct>
acagtgccatgagcatga
<002; DNA; synthetic construct>
accgctggcctctgtgca
<005; AA; synthetic construct>
NAYVGFSANVRSPFEYPQYYLAECNLEGFTLGGPPPEIAVTIPMIIIFFCYGQLVFTVCKTVASTLYTTVQKSMLAAWEKVIAAFLICCWVPVYAQASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFVVTCKSIYNPVMAACV


然后,在创建好的项目中选择导入序列,随后上传文件(图2~3),是否勾选“输入待导入的序列”并不会影响结果,不勾选时只是不会显示序列号等内容(图2~4)。导入序列之后,就可以按通常做法进行编辑、打印、生成序列表等常规操作,最终生成的序列表如图5,符合国知局要求。


WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

图2


WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

图3

WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?图4

WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

图5


经过对如何批量处理序列表这一问题的探索,不难看出,WIPO官方提供的软件功能较为齐全,用户界面也简单明了,但用户对其发掘程度较浅,还有很多功能待开发,期待有更多后来人把官方提供的各种用户手册最大程度地利用起来,发掘更多的快捷操作,助力专利申请。


注:

*本文作者来自于骆顺耀团队


(原标题:WIPO Sequence 批量导入序列的方法)


来源:IPRdaily中文网(iprdaily.cn)

作者:周妍卓 覃晴 上海汉盛律师事务所

编辑:IPRdaily赵甄          校对:IPRdaily纵横君


注:原文链接WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?点击标题查看原文)


WIPO Sequence 生物医药专利申请如何批量导入序列?

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本文来IPRdaily中文网(iprdaily.cn)并经IPRdaily.cn中文网编辑。转载此文章须经权利人同意,并附上出处与作者信息。文章不代表IPRdaily.cn立场,如若转载,请注明出处:“http://www.iprdaily.cn”

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